鱼群、研究船与基因组轨道构成的海洋数据航线
OCEAN DATA VOYAGE

连接海洋数据,
也连接世界

渔云 CloudFisher 从官网入口、客户端与节点状态出发,也带你读懂鱼类基因组、序列轨道和长读长组装。

00 m入口与页面身份
200 m设备与客户端
1,000 m节点与区域路径
4,000 m基因组与组装方法

三条航线,
分别通向不同任务

页面、客户端和数据节点不会同时恢复,也不应使用同一个状态词概括。

四个物种资料舱,
保留原站最有价值的脉络

旧 Fishbrowser 的数据库不再恢复查询,但物种、文件格式和研究问题仍值得继续解释。

GENOME TRACK

序列沿染色体与 scaffold 展开

FASTA 保存序列,GTF 描述基因结构,mRNA 与 protein 反映不同生物层级。

进入基因组资料舱 →
TOOLS

JBrowse 与 BLAST 各有职责

一个从坐标阅读轨道,一个从查询序列寻找相似候选。

阅读工具比较 →
Cyprinus carpioCommon carp · 鲤鱼
Oncorhynchus mykissRainbow trout · 虹鳟
Leuciscus waleckiiAmur ide · 雅罗鱼
PinctadaPearly oyster · 珍珠贝

序列资料甲板

文件能够打开,只说明格式可读;是否能共同使用,还要核对物种、组装和注释版本。

FASTA基因组、转录本或蛋白质序列需要标题标识和版本
GTF基因、转录本与外显子坐标必须匹配参考组装
mRNA剪接后的转录本不等于基因组坐标
Protein编码区翻译产物需要对应转录本
GO功能、过程与细胞组分证据类型决定解释范围

海况不同,
“打不开”也有不同含义

先看故障发生在页面之前、资源加载、登录会话还是节点连接。

研究航海志

文章按发布日期由新到旧排列,不显示序号,也不把同一份排查清单换名重写。